Für die FDP ist die Artenvielfalt unter Wasser genauso wichtig wie die Artenvielfalt über Wasser. Deswegen setzen wir uns für nachhaltige Fischquoten in Nord- und Ostsee ein. Wir wollen die Aquakultur stärken, um natürliche Bestände zu schonen. Wir sind für ein europaweites Kormoranmanagement, weil die stark gestiegenen Kormoranzahlen die Artenvielfalt in unseren Binnenseen bedroht. Wir sind gegen Kleinwasserkraftwerke, weil ihre Turbinen  bedrohte Fischarten wie den Aal töten oder verletzen und damit der Umwelt stärker schaden, als sie ihr nützen.